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3.4 挑战任务4

“未知物”的结构如下:

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在此次挑战中,13C NMR 谱图中仅能明确观察到六个信号。由于分子式中包含11 个碳原子,通过仔细检查13C NMR 谱图,可以识别出另外三个非常微弱的信号,分别位于140.5、148.4 和165.9 ppm,这些信号来自季碳(表3.5)。

表3.5. 挑战4:推断分子式事实数据(Factual Data)结论(Conclusions)

质谱(MS)

- [M]⁺ = 221氮原子数量为奇数(nN = 1、3 或5...)

- 无[M+2]峰硫(S)元素不存在- 无氯(Cl)、溴(Br)同位素模式氯(Cl)、溴(Br)元素不存在核磁共振(13C NMR)

- 未观测到氟(F)的多重峰氟(F)元素不存在- 6 个信号(含2 组等价CH 基团)最小碳原子数=8(提示1,4-芳环取代模式)

红外光谱(IR)

- 1,518 cm⁻¹、1,342 cm⁻¹(极强)硝基(NO2)可能存在- 3108、3080、1599、1505 cm⁻¹苯环特征吸收(C–H 伸缩振动与C=C 骨架振动)

- 1714 cm⁻¹(强)羰基(C=O)存在- 1645 cm⁻¹(中等)烯烃(C=C)可能存在氰基(CN)、氨基(NH/NH2)、羟基(OH)不存- 无CN、NH/NH2、OH 吸收峰在原子数量约束- 13C 与1H 谱数据最小氢原子数=11- 元素组成范围C:8–12;H:11–12;O:3–5;N:1最终分子式推导C11H11NO4采用模式泛化分析(Generalized Portrait)算法检测到分子结构潜在异常:通过片段检索(Fragment Search)获得210 个结构片段,并基于ACD 官能团数据库(ACD Functional Group Library)进行特征过滤,最终筛选出高频官能团组合如图3.17 所示。

图3.17 挑战4:使用模式泛化分析(Generalized Portrait)程序选出的最可能的官能团
图3.17挑战4:使用模式泛化分析(Generalized Portrait)程序选出的最可能的官能团

对比结构3.8 与图317 发现,置信度最高的#1、#2、#3、#5、#6 号官能团确实存在于目标分子中。需要特别说明,该方法仅提供官能团存在的概率线索,而非确证性结论。

为完成结构确证,综合文献[1]报道的1D NMR、HSQC、HMBC 及COSY 多维数据(表3.6),构建分子连接图谱(MCD)如图3.18 所示。

表3.6. 挑战任务4:核磁共振数据

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图3.18 挑战任务4:分子连接图。硝基(NO2)基团是手工绘制的
图3.18挑战任务4:分子连接图。硝基(NO2)基团是手工绘制的

在分子连接图(MCD)中,NO₂基团被手动绘制上,因为其在分子中的存在具有较高的可能性。值得注意的是,除CH₃和CH₂之间的连接外,所有COSY 相关性以及部分HMBC相关性均以虚线表示。这些虚线用于标示由于13C 和1H NMR 谱中信号重叠而产生的模糊相关性。具体而言,非等价碳原子C3 和C5 所连接的氢原子在化学位移7.66 ppm 处共振(见表3.6)。基于CASE(计算机辅助结构解析)的基本原理,在存在模糊相关性的情况下,生成的结构数量和计算时间往往会增加,因为模糊约束允许某些在严格约束下可能被禁止的原子组合。对于大分子而言,这种差异会变得尤为显著(我们将在第三部分看到更多示例),但对于当前分子,这种差异几乎可以忽略。

使用图3.18 所示的MCD 运行严格结构生成,得到以下结果:k = 14 →7 →2,总生成时间(tg)= 0.1 秒。排名后的结构如图3.19 所示。

图3.19 挑战4:基于一维NMR(1D)、HSQC、HMBC 和COSY 数据生成的结构排名
图3.19挑战4:基于一维NMR(1D)、HSQC、HMBC 和COSY 数据生成的结构排名

通过三种方法计算的偏差值,可靠地选出了正确的结构。为了进一步阐明COSY 和HMBC 相关性在结构解析中的关键作用,我们进行了第二次运行,这次基于未包含COSY和HMBC 谱的MCD(在创建MCD 时,通过编辑谱图查询窗口取消了这些谱图的选择)。结果显示:k = 4,592 →1,688 →163,tg = 1 分18 秒。这一结果直观地表明,即使是不明确的COSY 和HMBC 相关性,其所携带的结构信息也具有重要意义:非相同结构的数量增加了80 倍,初始生成的结构数量增加了300 倍,生成时间更是延长了800 倍。输出文件中排名前四的结构如图3.20 所示。

图3.20 挑战4:基于一维NMR(1D)和HSQC 数据生成的结构排名
图3.20挑战4:基于一维NMR(1D)和HSQC 数据生成的结构排名

值得注意的是,结构#2–#4 的平均偏差小于图3.19 中第二结构的偏差,这是因为结构#2–#4 的生成仅是由于缺少COSY 和HMBC 数据施加的约束。例如,CH₃和CH₂基团之间通过明确的COSY 相关性连接(见图3.18),因此可以通过化学键直接相连,但在结构#2 和#3 中,CH₂和CH₃基团之间的距离分别为3 个和4 个键。

在本任务中,NO₂基团的存在已通过红外光谱(IR)明确显示,并在片段搜索(Fragment Search)中通过功能库检索(Functional Library Search)进一步确认。尽管如此,我们仍然可以在“从头计算”(ab initio)模式下获得问题的正确解决方案,而无需在MCD 窗口中手动绘制硝基基团。为此,重新创建了MCD,并在生成选项中勾选了“枚举可能价态”(Enumerate Possible Valences)和“允许杂原子间成键”(Allow Bonds between Heteroatoms),随后重复了结构生成过程。结果如下:k = 136 →74 →44,总生成时间(tg)= 1.7 秒。排名输出文件中的前两个结构与图3.19 所示的结构完全一致。

结构3.9 展示了程序解析的分子结构及其13C 化学位移的自动归属结果。这一结果表明,即使在未预先标注NO₂基团的情况下,通过动态价态枚举和杂原子成键允许策略,CASE 系统仍能高效地识别并验证目标分子中的硝基基团,同时完成化学位移的精确归属。

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