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基于 CASE 技术进行海洋天然产物 Barmumycin 的结构确证

长久以来,传统的天然药物大多是从陆生植物及微生物中获得,但近年来,研究者们将注意力越来越多的集中在海洋生物中,尤其以海洋放线菌作为重点研究对象,且其也成为重要的生物活性化合物来源。
在众多海洋放线菌中,链霉菌被证明具备最强的潜在药理活性价值,在阐明含量极低的海洋微生物潜在生物合成途径时,Lorente等[1]从苏格兰海岸采集的链霉菌BOSC-002A培养液中分离到两个已知化合物Pretomaymycin和Oxotomaymycin,以及一个未知化合物Barmumycin,生物活性研究表明,化合物Barmumycin具有微摩尔级的抗肿瘤活性。
      通过高分辨 MALDI-TOF质谱获得化合物Barmumycin的分子式为C15H20NO4,并通过红外信号3288 cm-1、1600和1585 cm-1,推测结构中包含OH/NH及苯环基团。利用化合物与乙酸酐及吡啶反应,质谱技术检测,确证化合物中存在两个OH或NH活泼氢信号。通过1H & 13C NMR数据推测结构中存在1,2,4-三取代苯环;一个烯氢质子;一个CH基团,两个CH3基团,以及三个CH2基团。基于以上信息及2D NMR数据(COSY、HMBC、NOESY),作者推断化合物为Benzomacrolactone (1)。
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为了验证结构正确性,作者利用氨基苯甲酸酯作为起始物并利用两条合成路线对化合物1进行合成:其一(Strategy A)基于还原胺化进行,其二(Strategy B)基于N-烷基化进行。
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Strategy A     

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 Strategy B

然而,通过对比合成产物与化合物1的NMR谱图发现二者之间存在显著差异。经过重新评估和修改,二次推测Barmumycin有可能为化合物2的结构。
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      作者又通过化学合成的方法(Strategy C,5步反应,18%的收率)对化合物2进行验证。

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Strategy C

我们通过ACD/Structure Elucidator Suite软件,基于CASE(Computer-Assisted Structure Elucidation)技术,利用化合物实验数据(13C、1H、HSQC、HMBC)来验证如何在最开始阶段对化合物Barmumycin进行正确的结构解析和指证。

化合物谱图数据:

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      基于实验数据及经验自定义连接(黑色线条)获得化合物的分子连接图(MCD)如下:
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运行软件进行结构计算并利用13C化学位移预测对比(候选物预测数据与实验数据对比),在3分钟17秒的时间内产生778个候选结构。其中偏差最小的8个候选结构如下图所示(d < 3 ppm-绿色,3 < d < 15 ppm-黄色):
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      表中显示排名第一的化合物与Barmumycin 2结构一致,而作者鉴定的原始化合物1则因为偏差较大而排名在第45位。
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      根据软件计算结果,可清晰查看修正过的结构(Revised)和原始结构(Orginal)计算谱图与实验谱图间的差异度,修正结构差异度远远小于原始结构。
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       在文章的最后作者写到“本研究工作是一个新的关于体现“化学全合成法验证天然产物化学结构的重要性”的应用案例”。我们并不质疑此说法,但是需要在化学结构验证方法学上提出一些新的观点:在本案例中,如果在最早期应用ACD/Structure Elucidator Suite软件平台,可快速在几分钟时间内生成无偏向性的正确结构,而排名第45位的错误原始结构就完全不会出现在考虑范围内,因此也就不需要进行复杂的化学全合成来验证结构。退一步讲,就算仅仅使用基于经验的13C NMR化学位移预测方法也可以快速的将错误结果直接排除。

参考文献:

[1] Isolation, Structural Assignment, and Total Synthesis of Barmumycin, A. Lorente, D. Pla, L. M. Cañedo, F. Albericio, M. Alvarez., J. Org. Chem. 2010, 75:8508–8515.

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