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海洋天然产物 mauritamide B 的结构修正

海洋天然产物 mauritamide B 的结构修正
研究背景

从海绵动物Agelas属中已分离获得多例由牛磺酸连接的2-氨基咪唑溴吡咯生物碱类化合物。Hertiani等[1]最早从印度尼西亚海绵Agelas linnaei中分离得到mauritamide B (1),但原始文献未阐明其立体构型及生物活性。值得注意的是,该化合物的结构鉴定依赖于罕见的4JCH HMBC相关信号(C-15/H-19),这一现象引起了Hirozumi等[2]的关注。

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海洋天然产物 mauritamide B 的结构修正
结构修正过程

Hirozumi等[2]通过外消旋体合成验证发现,原始报道的结构1存在错误,其真实结构应为2。这一结论已通过全合成得到确证。值得注意的是,文献[3]的研究表明,采用ACD/Structure Elucidator软件可高效修正需要合成验证的错误结构。该方法相比传统全合成策略(通常需要先后合成错误结构和推测的正确结构)具有明显的成本优势,尤其对于需要多步合成的复杂分子而言。

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为此,我们尝试基于文献[1]的光谱数据,采用Structure Elucidator程序对结构1进行修正。图1展示了mauritamide B的结构及程序内置方法计算的13C化学位移结果,计算值与实验值的平均偏差如下所示。

图1. Hertiani等[1]提出的mauritamide B (1)结构及其13C化学位移预测结果(采用HOSE算法、神经网络算法和增量法计算)

图1. Hertiani等[1]提出的mauritamide B (1)结构及其13C化学位移预测结果(采用HOSE算法、神经网络算法和增量法计算)

各方法所得13C化学位移计算值与实验值的平均偏差分别标注为dA、dN和dI。图中原子按实验值与计算值差异进行颜色标记:绿色表示差异在0-3 ppm范围内,黄色表示差异>3-15 ppm。

计算结果表明,虽然平均偏差值(dA/dN/dI)可能符合正确结构的特征,但最大偏差值(max_dA ~ 15 ppm)对于正确结构而言明显偏大。此外,分子右侧区域呈现黄色标记(图1),这些证据使得结构1的准确性存疑,需要进一步验证。

值得注意的是,该结构中存在两个"绿色"片段(差异 < 3 ppm)。根据经验,这种特征可显著简化和加速结构修正过程。

基于上述分析,我们将化合物1的分子式C14H20Br2N6O5S及其核磁共振数据(表1)输入程序进行结构解析。

表1. 化合物1的核磁共振波谱数据

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将这两个"绿色"片段(如图2所示红色圈部分)导入用户自定义片段库(User Fragments library)中。

图2. 结构1中的"绿色"片段选择图示

图2. 结构1中的"绿色"片段选择图示

为在结构生成过程中获得所有可能的结构而不受HMBC谱约束,我们在创建分子连接图(Molecular Connectivity Diagram, MCD)前取消了该谱图的选择。图3展示了所得MCD。

该MCD包含原mauritamide B结构中显示为绿色的两个片段。碳原子的杂化状态通过相应颜色标记:sp²-紫色,sp³-蓝色,非sp-浅蓝色。标有"ob"的碳原子表示必须与杂原子相邻。
图3. mauritamide B的分子连接图(MCD)

该MCD包含原mauritamide B结构中显示为绿色的两个片段。碳原子的杂化状态通过相应颜色标记:sp²-紫色,sp³-蓝色,非sp-浅蓝色。标有"ob"的碳原子表示必须与杂原子相邻。

HMBC相关信号已被取消选择且未显示。化学位移为91.50 ppm的碳原子标记为浅蓝色,因其13C化学位移值可能对应sp²或sp³杂化状态。

启动结构生成程序并同步进行13C化学位移预测,结果如下:k = 3.427 → (结构筛选) → 325 → (去重处理) → 182,总耗时tg = 31秒。输出文件按dA偏差值升序排列,排名前20的结构如图4所示。

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图4. 排序后的输出文件结果

13C化学位移预测采用HOSE算法、神经网络算法及增量法完成,各方法所得化学位移平均偏差分别标记为dA、dN和dI。

结果显示,排名第一的结构与通过全合成验证的修正后mauritamide B结构完全一致[2]。而最初提出的结构1在排序中仅位列第33位,未在图4中显示。

值得注意的是,所有生成结构均高度相似,其偏差值较小且均处于正确结构的可接受范围内。为此,我们对排名前12位的结构进行了DP4概率计算,结果如图5所示。

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图5. 排序输出文件中前12位的结构

DP4A、DP4N和DP4I分别表示程序计算所得结构有效性的概率值

如图5所示,排名第一的结构具有最高概率值,这证实了文献[2]中结构修正的正确性。如文献[4]所示,通过DFT方法计算13C化学位移可为此结构的有效性提供进一步佐证。

文献[2]作者提供了化合物2的HMBC谱图(图6),其中C15\H2'峰(即结构1和2中的C15\H19)强度过高,难以归属为4JCH远程相关。若文献[1]作者当时注意到这一特征,或许能在首次研究中就确立mauritamide B的正确结构。

如图所示,结构2中所有HMBC相关信号均符合标准长度。
图6. 文献[2]支持信息中提供的HMBC谱图

如图所示,结构2中所有HMBC相关信号均符合标准长度。

由此可见,采用Structure Elucidator程序仅耗时半分钟即完成了mauritamide B的结构修正。修正后的mauritamide B有效结构及其13C化学位移归属如下所示:

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参考文献
[1] Hertiani, T.; Edrada-Ebel, R.; Ortlepp, S.; van Soest, R. W. M.; de Voogd, N. J.; Wray, V.; Hentschel, U.; Kozytska, S.; Müller, W. E. G.; Proksch, P. Bioorg. Med. Chem. 2010, 18(3), 1297−1311.
[2] Hirozumi, R.; Kudo, Y.; Cho, Y.; Konoki, K.; Yotsu-Yamashita, M. J. Nat. Prod. 2025, 88, 806−814.
[3] Elyashberg, M.; Tyagarajan, S.; Mandal, M.; Buevich, A. V. Molecules 2023, 28(9), 3796.
[4] Buevich, A. V.; Elyashberg, M. E. J. Nat. Prod. 2016, 79(12), 3105–3116.