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溶剂化参数计算:Absolv 模块

溶剂化参数是溶质的基本特征,是决定许多生物特性的关键因素。在某些情况下,将感兴趣的性质与溶剂化参数关联起来搭建的简单模型(Abraham 方程),足以快速预测新化合物对应的性质。Absolv 模块与 M. H. Abraham 教授合作开发,基于 Abraham 方程计算各种溶剂相关的性质,并预测这些计算所需的 Abraham 溶剂化参数,目前已整合入 Percepta 软件。

Absolv 模块界面:原子贡献颜色映射、溶剂化参数结果与相似结构实验值对照
Absolv 模块界面:原子贡献颜色映射(1)、溶剂化参数结果(2)、训练集中 5 个最相似结构的实验值(3)

01 Absolv 计算的溶质属性

Absolv 模块计算的溶质属性即通常所说的 Abraham 溶剂化参数:

  • 总溶质 H 键酸度——α₂ᴴ(A)
  • 总溶质 H 键碱度——β₂ᴴ(B)和 β₂ᴼ(Bo)
  • 气相与十六烷烃之间的分配系数——log L¹⁶(L)
  • 极性 / 极化率——π₂ᴴ(S)
  • 过度的摩尔折射——R₂(E)
  • McGowan 特征体积——Vₓ(V)

界面上原子上的颜色强度表示每个原子或结构片段对所选参数的贡献程度;软件会从训练集中挑选出 5 个最相似的结构及对应的实验值供用户参考。

02 Absolv Equations:方程体系

用户可以在 Absolv equation 界面,从预定义的 Abraham 方程中计算出各种溶剂-溶剂或气体-溶剂的分配系数,或者输入任何使用预测的 Abraham 溶剂化参数的自定义方程。

Absolv Equations 界面:方程按类型分组、附注释与文献
Absolv Equations 界面:计算结果(1)、结果可见性切换(2)、方程按类型分组(3)、方程式(4)、注释(5)、文献(6)、方程滚动与管理入口(7–10)
方程管理器:定义新的自定义 Abraham 方程
方程管理器:允许定义新的、编辑或删除现有的自定义 Abraham 方程,以及查看所有预定义的方程

新输入的方程式会出现在方程式管理器和方程式窗格的相应类别下:

自定义方程出现在方程式列表的相应类别下
自定义的 "New Equation" 出现在方程式窗格的相应类别下

03 后台数据库

Absolv 数据库(截至原文发布时)包含了 7885 个化合物以及由 M. H. Abraham 教授和其同事确定的溶剂化参数的实验值,可供用户轻松查阅。主要参考文献如下:

  1. Abraham, M. H., Grellier, P. L., Prior, D. V., Duce, P. P., Morris, J. J., and Taylor, P. J., J. Chem. Soc. Perkin Trans 2, 1989, 699.
  2. Abraham, M. H., Grellier, P. L., Prior, D. V., Morris, J. J., and Taylor, P. J., J. Chem. Soc. Perkin Trans 2, 1990, 521.
  3. Abraham, M. H., Whiting, G. S., Doherty, R. M., and Shuely, W. J., J. Chromatogr., 1991 (587), 213-228.

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